Město Veselí nad Lužnicí se nachází na soutoku řek Nežárky a Lužnice. Městem protéká také Bechyňský potok odvodňující Blatskou krajinu, který se kousek za městem vlévá do Lužnice. Nadmořská výška města je od 405 m u řeky do 470 m vrchol Klobasná na východním okraji města.