Mesto sa nachádza na západe Slovenska v Trnavskom kraji. Na západe susedí s moravským mestom Hodonín (12 km), na juhozápade s mestom Holíč (6 km), Senica je 23 km juhovýchodne a Myjava 36 km východne. Na severe a západe je mesto ohraničené hranicou s Českom.
Neďaleko Skalice na západe tečie rieka Morava a na juhozápade sa nachádzajú chovné rybníky.

Na severovýchode začínajú Biele Karpaty a kopaničiarsky región.