Lysá pod Makytou leží v doline medzi Bielymi Karpatmi a Javorníkmi severozápadne od Púchova na hranici okresu Púchov a Vsetín. Stred obce sa nachádza vo výške 365 m n.m. Vrch Makyta s výškou 923 m sa nachádza severne od obce.
Prevláda tu typická chladnejšia a vlhkejšia klíma severozápadného Slovenska - najviac zrážok pri severozápadnom prúdení a nízke ranné teploty pri vyjasnení počas celého roka.